Después de entrenar durante dos años y medio con Jiraiya, Naruto Uzumaki vuelve a la Aldea Oculta de la Hoja, donde se reúne con sus viejos amigos para volver a conformar el Equipo 7, ahora renombrado «Equipo Kakashi». Ante la ausencia de Sasuke, Sai toma el lugar vacante del conjunto.
En esta continuación, los compañeros de Naruto han madurado respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar el chakra del Kyūbi. Contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Shippūden, buscando como objetivo principal el capturar a todas las bestias con cola Bijū para sus propósitos. En el transcurso cada uno de los biju irán cayendo en manos de los Akatsuki hasta solo quedar Naruto y el Jinchuriki del ocho colas el cual entrena a Naruto para poder controlar el Chakra del Kyūbi a su máximo poder. También los miembros de Akatsuki irán siendo derrotados por Naruto y sus amigos y se irán mostrando con muchos más detalles la historia de las aldeas y sus fundadores respectivos. Y el ninja más poderoso el Rikudō Sennin el cual venció al Jubi una criatura legendaria que existió al principio de los tiempos la cual quiere ser revivida por los Akatsuki.
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